In der Verwaltungsgemeinschaft Stötten a.Auerberg werden die zahlreichen anfallenden Aufgaben durch verschiedene Behörden, also verschiedene Ämter, bearbeitet. Alle Ämter arbeiten dafür eng miteinander und mit anderen umliegenden Kommunen und sonstigen Behörden zusammen.

Die Verwaltung teilt sich in zwei Abteilungen mit jeweils untergeordneten Ämtern: